ट्रांसक्रिप्टोमिक्स: ओपन एक्सेस
खुला एक्सेस

अमूर्त

वैश्विक ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण और पाउडरी मिल्ड्यू (पोडोस्फेरा अपहानिस) के साथ फ्रैगरिया वेस्का के संक्रमण के बाद भिन्न रूप से व्यक्त जीन की पहचान

श्रीधर जंबागी, ​​जिम एम. डनवेल

पृष्ठभूमि: स्ट्रॉबेरी पाउडरी फफूंद का कारक एजेंट पोडोस्फेरा एफ़ैनिस दुनिया भर में महत्वपूर्ण आर्थिक नुकसान का कारण बनता है।

विधियाँ: हमने पौधों के रोगजनकों की परस्पर क्रियाओं का अध्ययन करने के लिए एक मॉडल के रूप में द्विगुणित स्ट्रॉबेरी प्रजाति फ्रैगरिया वेस्का का उपयोग किया। संक्रमण के 1 दिन (1 DAI) और 8 दिन (8 DAI) बाद दो अभिगमों, F. वेस्का एसएसपी. वेस्का हवाई 4 (HW) और F. वेस्का f. सेम्परफ्लोरेंस येलो वंडर 5AF7 (YW) से ट्रांसक्रिप्टोम डेटासेट बनाने के लिए RNA-seq का उपयोग किया गया।

परिणाम: पहचाने गए कुल रीड्स में से लगभग 999 मिलियन (92%) को F. वेस्का जीनोम से मैप किया गया। ये ट्रांसक्रिप्ट तीन समय बिंदुओं (नियंत्रण, 1 और 8 DAI) से क्रमशः HW और YW में कुल 23,470 और 23,464 जीन से प्राप्त किए गए थे। विश्लेषण ने HW में नियंत्रण और 1 DAI, नियंत्रण और 8 DAI, और 1 और 8 DAI के बीच क्रमशः 1,567, 1,846 और 1,145 अप-विनियमित जीन की पहचान की। इसी तरह, YW में 1,336, 1,619 और 968 जीन अप-विनियमित थे। इसके अलावा HW में 646, 1,098 और 624 डाउन-विनियमित जीन की पहचान की गई, जबकि YW में तीनों समय बिंदुओं के बीच क्रमशः 571, 754 और 627 जीन डाउन-विनियमित थे।

निष्कर्ष: HW और YW दोनों में नियंत्रण और 1 DAI के बीच भिन्न रूप से व्यक्त जीन (लॉग2 गुना परिवर्तन ?5) की जांच ने द्वितीयक चयापचय, संकेत पारगमन से संबंधित जीन की एक बड़ी संख्या की पहचान की; ट्रांसक्रिप्शनल विनियमन और रोग प्रतिरोध अत्यधिक व्यक्त किए गए थे। इनमें फ्लेवोनोइड 3´-मोनोऑक्सीजिनेज-मोनोऑक्सीजिनेज, पेरोक्सीडेज 15, ग्लूकेन एंडो-1,3-?-ग्लूकोसिडेस 2, रिसेप्टर-जैसे किनेस, ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर, जर्मिन-जैसे प्रोटीन, एफ-बॉक्स प्रोटीन, एनबी-एआरसी और एनबीएस-एलआरआर प्रोटीन शामिल थे। यह स्ट्रॉबेरी में किसी भी रोगजनक बातचीत के लिए आरएनए-सीक्यू का पहला अनुप्रयोग है।