एंटीवायरल और एंटीरेट्रोवाइरल जर्नल
खुला एक्सेस

अमूर्त

एचआईवी-1 के वी3 लूप में संरक्षित जीपीजीआर खंड की संरचनात्मक अनुकूलनशीलता की जांच करना

सुधा श्रीवास्तव और मीना कन्यालकर

एक प्रभावी एचआईवी वैक्सीन डिजाइन करने के लिए अनुक्रम विविधता और मुख्य न्यूट्रलाइजिंग निर्धारक (पीएनडी) पेप्टाइड्स, जीपी120 के हाइपरवेरिएबल क्षेत्र के अनुरूपण के बीच संबंधों का अध्ययन करना महत्वपूर्ण है। जीपी120 के दो टुकड़े 318-327 और 315-329 को पीएनडी के रूप में मैप किया गया है और वे एचआईवी-1 विशिष्ट साइटोटॉक्सिक लिम्फोसाइट गतिविधि को प्रेरित कर सकते हैं जो वायरस से संक्रमित कोशिकाओं को मार सकता है। नतीजतन, जीपी120-वी3 लूप से इम्युनोजेनिक क्षेत्र के अधिक व्यवस्थित और जैविक रूप से प्रासंगिक अनुरूपण का डिज़ाइन एचआईवी-1 वैक्सीन विकास के लिए अधिक प्रभावी इम्युनोजेन्स के डिज़ाइन में सहायता कर सकता है। इष्टतम संरचनात्मक वरीयताओं को उजागर करने के लिए हमने जीपी120 के वी3 लूप से दो टुकड़ों की अनुरूपण अनुकूलनशीलता का पता लगाया है जिसमें मुख्य रूप से क्राउन क्षेत्र को शामिल करते हुए जीपीजीआर अनुक्रम शामिल है। परमाणु चुंबकीय अनुनाद (एनएमआर) स्पेक्ट्रोस्कोपी और आणविक गतिशीलता (एमडी) सिमुलेशन का उपयोग पानी और हेक्साफ्लुरोएसीटोन (एचएफए) जैसे विविध विलायक प्रणालियों में अनुरूपण को मैप करने के लिए किया गया है। एचएफए में, बड़ा टुकड़ा, 315-329 द्वितीयक संरचना के निर्माण की ओर कुछ हद तक झुकाव दिखाता है। यह दर्शाता है कि द्वितीयक संरचना प्राप्त करने में टुकड़े की लंबाई महत्वपूर्ण है, जो वी3 लूप की हाइपरवेरिएबल स्थिति के लिए जिम्मेदार हो सकती है। हालाँकि, पानी में, दोनों टुकड़े कोई विशिष्ट संरचना संबंधी प्राथमिकताएँ नहीं दिखाते हैं।