क्लिनिकल परीक्षण जर्नल
खुला एक्सेस

अमूर्त

BNAClamp रियल-टाइम पीसीआर का उपयोग करके एपिडर्मल ग्रोथ फैक्टर रिसेप्टर T790M का संवेदनशील पता लगाना

ऑस्टिन डिंकेल, राचेल ए. हॉफमिस्टर, एंड्रयू हकलबी, आरोन एस. कास्त्रो, मिगुएल एम. कास्त्रो, सुंगकुन किम*

एपिडर्मल ग्रोथ फैक्टर रिसेप्टर (EGFR) पर उत्परिवर्तन स्तन और फेफड़ों के कैंसर सहित कई प्रकार के कैंसर का कारण बनते हैं। EGFR के टायरोसिन किनेज डोमेन पर एकल उत्परिवर्तन T790M कैंसर की दवा गेफिटिनिब के प्रति प्रतिक्रिया को दर्शाता है, जो ऐसी दवा के प्रति प्रतिरोध के विकास की ओर ले जाता है। इस प्रकार उत्परिवर्तन का पता लगाने से उन रोगियों के लिए प्रभावी चिकित्सीय विकल्प उपलब्ध होते हैं जिन्हें कैंसर की दवा उपचार की आवश्यकता होती है। हमने ब्रिज्ड न्यूक्लिक एसिड (BNA) का उपयोग करके T790M उत्परिवर्तन के लिए एक आसान, तेज़ पहचान विधि विकसित करने की कोशिश की, जिसे ऑलिगोन्युक्लियोटाइड्स के हाइब्रिडाइजेशन आत्मीयता को बढ़ाने के लिए जाना जाता है। BNA बेस वाले ऑलिगोन्युक्लियोटाइड्स, जिन्हें BNA-क्लैंप कहा जाता है और जिन्हें वाइल्ड-टाइप जीन के खिलाफ PCR प्रतिक्रिया को रोकने के लिए डिज़ाइन किया गया है, का उपयोग बड़ी संख्या में वाइल्ड-टाइप जीन के साथ मिश्रित उत्परिवर्ती जीन की उपस्थिति का पता लगाने के लिए किया गया था। BNA-क्लैम्पिंग के साथ संयोजन में रियल-टाइम PCR हमें वाइल्ड-टाइप और म्यूटेंट जीन के अनुपात के आधार पर PCR प्रवर्धन की विभिन्न डिग्री का निरीक्षण करने की अनुमति देता है। संभावना का पता लगाने के प्रयास में, विभिन्न संख्या में BNA बेस के साथ कई 13-मेर ऑलिगोन्युक्लियोटाइड क्लैंप तैयार किए गए थे। Tm मान विश्लेषण से पता चलता है कि 9 BNA बेस (BNA-क्लैम्प-9) वाले क्लैंप म्यूटेंट को वाइल्ड-टाइप जीन से अलग करने में सबसे प्रभावी होंगे, और BNA-क्लैम्प-9 का उपयोग करके संवेदनशीलता परीक्षणों से पता चला कि क्लैंप में वाइल्ड-टाइप जीन के बीच T790M उत्परिवर्तन के 0.1% या उससे कम स्तर का पता लगाने की क्षमता थी। इसके अलावा, आणविक गतिशीलता (MD) सिमुलेशन के माध्यम से बंधन संरचनाओं का विश्लेषण किया गया, जिससे पता चला कि BNA-क्लैम्प-9 मूल रूप से निर्मित BDNA संरचना को विकृत करता है। इसके अतिरिक्त, अम्ब्रेला सैंपलिंग के माध्यम से, वाइल्ड-टाइप के लिए -60 kJ/mol और म्यूटेंट जीन के लिए -40 kJ/mol के साथ बंधन मुक्त ऊर्जा प्राप्त की गई। यह बीएनए-क्लैम्पिंग और रियल टाइम पीसीआर तकनीक भविष्य में चिकित्सकीय रूप से महत्वपूर्ण उत्परिवर्तनों का पता लगाने के लिए एक आशाजनक रास्ता प्रदान कर सकती है