ट्रांसक्रिप्टोमिक्स: ओपन एक्सेस
खुला एक्सेस

अमूर्त

प्यूरोमाइसिन का चयन प्राथमिक मानव एरिथ्रोब्लास्ट्स के आरएनए-अनुक्रम प्रोफाइल को भ्रमित करता है

डे वास्कोनसेलोस

प्यूरोमाइसिन निर्धारण के बाद लेंटिवायरल ट्रांसडक्शन, मानव हेमटोपोइएटिक स्टेम और पूर्वज कोशिकाओं
सहित विभिन्न प्रकार की कोशिकाओं का उपयोग करके गुणवत्ता विनिमय और अभिव्यक्ति परीक्षणों के लिए एक बहुत ही अच्छी तरह से मान्यता प्राप्त विधि है। इसके व्यापक अनुप्रयोग के बावजूद, स्तनधारी कोशिका समुदायों में बैक्टीरियल प्यूरोमाइसिन एन-एसिटाइलट्रांसफेरेज़ (पीएसी) गुणवत्ता अभिव्यक्ति के संभावित प्रभावों के संबंध में शोध अपर्याप्त है। यहाँ मानव एरिथ्रोपोएसिस के लिए एक बहुत अच्छी तरह से पढ़े गए मॉडल का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइल को प्रभावित करने के लिए प्यूरोमाइसिन निर्धारण की क्षमता का विश्लेषण किया गया था। दो आर्थिक रूप से सुलभ पीएसी-एन्कोडिंग लेंटिवायरल वैक्टर के साथ ट्रांसड्यूस किए गए छह वयस्क स्वस्थ मानव योगदानकर्ताओं से आवश्यक CD34(+) कोशिकाओं का उपयोग करके विश्लेषण किए गए और गैर-ट्रांसड्यूस किए गए नियंत्रण कोशिकाओं के साथ तुलना की गई। अलगाव के प्रोएरिथ्रोब्लास्ट चरण में RNA-Seq गुणवत्ता अभिव्यक्ति प्रोफाइल बनाए गए थे , उस बिंदु पर R-स्टूडियो प्रोग्रामिंग में DEseq2 के साथ अंतर गुणवत्ता अभिव्यक्ति की जांच की गई थी। गुणवत्ता अभिव्यक्ति प्रोफाइल में लाभकारी विविधता और विभिन्न लेंटिवायरल वेक्टर के ट्रांसडक्शन के बाद प्यूरोमाइसिन चुने गए आबादी के बीच विविधता 0.1% से कम के आरएनए पहचान स्तरों में भारी अंतर द्वारा प्रदर्शित की गई थी। फिर भी, पीएसी गुणवत्ता ट्रांसडक्शन के बाद प्यूरोमाइसिन के चयन ने गैर-ट्रांसड्यूस किए गए नियंत्रणों की तुलना में mRNA के 5% में महत्वपूर्ण परिवर्तन किए । परिणाम बताते हैं कि RNA-Seq ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइल के अनुवाद को भ्रमित करने के लिए प्यूरोमाइसिन निर्धारण की क्षमता पर विचार किया जाना चाहिए ।