ट्रांसक्रिप्टोमिक्स: ओपन एक्सेस
खुला एक्सेस

अमूर्त

प्यूरोमाइसिन का चयन प्राथमिक मानव एरिथ्रोब्लास्ट्स के आरएनए-सीक प्रोफाइल को भ्रमित करता है

गुओ आरएल, ली वाईटी, बर्नस सी, और मिलर जेएल*

प्यूरोमाइसिन चयन के बाद लेंटिवायरल ट्रांसडक्शन मानव हेमटोपोइएटिक स्टेम और प्रोजेनिटर कोशिकाओं सहित विभिन्न प्रकार की कोशिकाओं का उपयोग करके जीन स्थानांतरण और अभिव्यक्ति प्रयोगों के लिए एक अच्छी तरह से मान्यता प्राप्त प्रक्रिया है। इसके व्यापक अनुप्रयोग के बावजूद, स्तनधारी कोशिका संवर्धन में बैक्टीरियल प्यूरोमाइसिन एन-एसिटाइलट्रांसफेरेज़ (पीएसी) जीन अभिव्यक्ति के संभावित प्रभावों के बारे में शोध अधूरा है। यहाँ मानव एरिथ्रोपोएसिस के लिए एक अच्छी तरह से अध्ययन किए गए मॉडल का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइल को प्रभावित करने के लिए प्यूरोमाइसिन चयन की क्षमता की जाँच की गई थी। छह वयस्क स्वस्थ मानव दाताओं से प्राथमिक CD34(+) कोशिकाओं का उपयोग करके प्रयोग किए गए, जिन्हें दो व्यावसायिक रूप से उपलब्ध पीएसी-एनकोडिंग लेंटिवायरल वेक्टर के साथ ट्रांसड्यूस किया गया और गैर-ट्रांसड्यूस नियंत्रण कोशिकाओं से तुलना की गई। RNA-Seq जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल को भेदभाव के प्रोएरिथ्रोब्लास्ट चरण में उत्पन्न किया गया था, फिर R-Studio सॉफ़्टवेयर में DEseq2 के साथ विभेदक जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण किया गया था। जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल में अंतर-दाता भिन्नता और अलग-अलग लेंटिवायरल वेक्टर के ट्रांसडक्शन के बाद प्यूरोमाइसिन चयनित आबादी के बीच भिन्नता 0.1% से कम के आरएनए पहचान स्तरों में महत्वपूर्ण अंतर द्वारा प्रकट हुई थी। हालांकि, पीएसी जीन ट्रांसडक्शन के बाद प्यूरोमाइसिन चयन ने गैर-ट्रांसड्यूस किए गए नियंत्रणों की तुलना में 5% से अधिक mRNA में महत्वपूर्ण परिवर्तन किए। परिणाम बताते हैं कि RNA-Seq ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइल की व्याख्या को भ्रमित करने के लिए प्यूरोमाइसिन चयन की क्षमता पर विचार किया जाना चाहिए।