क्रिश्चियन गार्डे, रामरथिनम एच, एम्मा सी जैप्पे, मोर्टन नीलसन, जेन्स वी क्रिंगलम, थॉमस ट्रॉले और एंथोनी डब्ल्यू परसेल
मेजर हिस्टोकंपैटिबिलिटी कॉम्प्लेक्स (MHC) क्लास II एंटीजन प्रेजेंटेशन CD4+ T-सेल प्रतिक्रिया को प्राप्त करने में एक महत्वपूर्ण घटक है। इस प्रकार पेप्टाइड-MHC (pMHC) इंटरैक्शन की सटीक भविष्यवाणी तर्कसंगत वैक्सीन डिज़ाइन के लिए एपिटोप उम्मीदवारों को परिभाषित करने में एक आधारशिला बन गई है। वर्तमान pMHC भविष्यवाणी उपकरण, अब तक, मुख्य रूप से इन विट्रो बाइंडिंग आत्मीयता से अनुमान पर केंद्रित हैं। वर्तमान अध्ययन में, हम MHC क्लास II एंटीजन प्रेजेंटेशन की भविष्यवाणी को निर्देशित करने के लिए मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा उत्पन्न MHC क्लास II एल्यूटेड लिगैंड्स के एक बड़े सेट को एकत्रित करते हैं। हम प्रदर्शित करते हैं कि एल्यूटेड लिगैंड्स पर विकसित मॉडल pMHC बाइंडिंग आत्मीयता डेटा पर विकसित किए गए मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं।
एकल पूर्वानुमान मॉडल में एल्यूटेड लिगैंड और pMHC आत्मीयता डेटा को मिलाकर पूर्वानुमान प्रदर्शन को और बेहतर बनाया जा सकता है। इसके अलावा, लिगैंड डेटा को शामिल करके, पूर्वानुमान मॉडल द्वारा MHC वर्ग II की पेप्टाइड लंबाई वरीयता को सटीक रूप से सीखा जा सकता है। अंत में, हम प्रदर्शित करते हैं कि हमारा मॉडल एल्यूटेड लिगैंड के बाहरी डेटासेट पर वर्तमान अत्याधुनिक पूर्वानुमान विधि, NetMHCIIpan से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है और CD4+ T-कोशिका एपिटोप की पहचान करने में बेहतर प्रतीत होता है।