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प्रशांत ऑयस्टर के प्रतिरक्षा प्रतिलेख: क्रैसोस्ट्रिया गिगास लार्वा जो बैक्टीरिया चुनौती के परिणामस्वरूप अभिव्यक्ति में परिवर्तन करते हैं

जिंग फैंग, शियाओहुई काई, फेंगयी माओ, होंगयु ली, होंगलिन चेन, मिन्हुआ कियान, जैकब आर. हैमब्रुक, पैट्रिक सी. हैनिंगटन, शिनझोंग वू

पृष्ठभूमि: समुद्री मोलस्क, जैसे कि सीप, अंतरज्वारीय और मुहाना क्षेत्रों में रहते हैं, अपने विकास के दौरान कई रोगजनक चुनौतियों का सामना करते हैं। विब्रियो एल्गिनोलिटिकस जैसे बैक्टीरिया से संक्रमण , लार्वा विकास को प्रभावित करने वाला एक प्रमुख कारक है और अक्सर प्रशांत सीप, क्रैसोस्ट्रिया गिगास की उच्च मृत्यु दर का कारण बनता है । सीप की प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया संक्रमण के परिणामों को कम करके विकास के दौरान जानवर की रक्षा करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाने के लिए जानी जाती है।

परिणाम: इस अध्ययन में, हमने वी. एल्गिनोलिटिकस चुनौती के लिए सी. गिगास लार्वा की प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया का व्यापक विश्लेषण किया । हमने 0 घंटे पर लार्वा सी. गिगास के ट्रांसक्रिप्टोम को अनुक्रमित किया, जिसका अर्थ है कि नियंत्रण के रूप में बिना किसी उपचार के लार्वा सीप और संक्रमण के 6, 12, 24, 48 और 72 घंटे बाद। RNA-seq के बाद, कच्चे रीड NCBI अनुक्रम रीड आर्काइव के माध्यम से एक्सेस नंबर PRJNA623063 के तहत उपलब्ध हैं। फ़िल्टरिंग के बाद, कुल 58.24 Gb स्वच्छ रीड का उत्पादन किया गया और C. गिगास के संदर्भ जीनोम का उपयोग करके इकट्ठा किया गया । प्रत्येक नमूने के लिए गुणवत्ता Q30 का वितरण 90.88% से अधिक था और GC सामग्री 41.27% से 42.91% तक थी। COG, GO, KEGG, स्विस-प्रोट और NR डेटाबेस में अनुक्रमों के साथ तुलना करने पर, संक्रमण के 6, 12, 24, 48, 72 घंटे बाद क्रमशः 1,267, 1,112, 2,187, 682, 1,133 अलग-अलग अभिव्यक्त जीन पाए गए। कई प्रतिरक्षा-संबंधी जीनों ने अलग-अलग अभिव्यक्ति दिखाई जो समय के साथ बदलती रही: टोल-जैसे रिसेप्टर्स, त्रिपक्षीय मोटिफ प्रोटीन, लेक्टिन-जैसे कारक, स्कैवेंजर रिसेप्टर्स, सिग्नलिंग पाथवे घटक जैसे कि मायलोइड भेदभाव कारक 88, और तनाव प्रोटीन जैसे कि हीट शॉक 70 केडीए प्रोटीन सभी नियंत्रण की तुलना में वी . एल्गिनोलिटिकस चुनौती के बाद प्रचुर मात्रा में पाए गए। विश्लेषण के लिए, इन जीनों को कई श्रेणियों में विभाजित किया गया था जैसे पैटर्न पहचान रिसेप्टर्स, फाइब्रिनोजेन-जैसे प्रोटीन, क्षति-संबंधी आणविक पैटर्न, पूरक कारक इत्यादि। हमने मूल रूप से संक्रमण के पहले ७२ घंटों में सी. गिगास लार्वा में कई डाउन-रेगुलेटेड प्रतिरक्षा-संबंधी जीन भी खोजे हैं, जैसे टीआरआईएम२, टीआरआईएम४५, टीआरआईएम५६, टीआरआईएम७१, मैक्रोफेज मैनोज़ रिसेप्टर १, एपोलिपोप्रोटीन डी, साइटोक्रोम पी४५०, आरएचओ-संबंधी प्रोटीन, तनाव-प्रेरित प्रोटीन १, एचएसपी६८ , एचएसपी ७५ , एचएसपी७० बी२, हीम-बाइंडिंग प्रोटीन १, हीम-बाइंडिंग प्रोटीन २, हैवी मेटल-बाइंडिंग प्रोटीन एचआईपी, हेमिसेंटिन -१

निष्कर्ष: हमारा अध्ययन विशिष्ट प्रतिरक्षा कारकों के कार्य में लक्षित जांच की सुविधा प्रदान करेगा, जो अकशेरुकी प्रतिरक्षा अणुओं की विविधता और विकास की व्याख्या कर सकता है और सीप पालन के प्रदर्शन को बेहतर बनाने के लिए प्रभावी उपायों के विकास की ओर ले जा सकता है।