ल्यूकेमिया का जर्नल
खुला एक्सेस

अमूर्त

डायहाइड्रोफोलेटरिडक्टेस वेरिएंट का जीनोटाइप वितरण और भारतीय जनसंख्या में तीव्र लिम्फोब्लास्टिक ल्यूकेमिया के प्रति रोग संवेदनशीलता में उनकी भूमिका: एक प्रायोगिक और कम्प्यूटेशनल विश्लेषण

सुनीता कोडिडेला, सुरेश चंद्र प्रधान, जयारमन मुथुकुमारन, बिस्वजीत दुबाशी, टेरेसा सैंटोस-सिल्वा और देबदत्ता बसु

उद्देश्य: भारतीय जनसंख्या में डाइहाइड्रोफोलेट रिडक्टेस (DHFR) -317A>G और -680C>A वेरिएंट के एलील और जीनोटाइप आवृत्तियों को स्थापित करना, इन वेरिएंट का तीव्र लिम्फोब्लास्टिक ल्यूकेमिया (ALL) के जोखिम के साथ संबंध खोजना और इन-सिलिको उपकरणों का उपयोग करके DHFR जीन के गैर-समानार्थी SNPs (nsSNPs) और 3'अनट्रांसलेटेड क्षेत्र (3'UTR) वेरिएंट के इसकी संरचना और कार्य पर पड़ने वाले प्रभावों का विश्लेषण करना।
तरीके: अध्ययन के लिए कुल 235 असंबंधित स्वस्थ स्वयंसेवकों (नियंत्रण) और 127 ALL रोगियों (मामलों) को भर्ती किया गया। परिधीय ल्यूकोसाइट्स से डीएनए निकाला गया। DHFR बहुरूपताओं की जीनोटाइपिंग रियलटाइम PCR द्वारा की गई। हमने कम्प्यूटेशनल प्लेटफ़ॉर्म के माध्यम से DHFR जीन के 3'UTR में nsSNPs और वेरिएंट के हानिकारक प्रभाव की जाँच की।
परिणाम: वर्तमान अध्ययन में, DHFR -317G और -680 A एलील की आवृत्ति क्रमशः 33.3% और 59.8% पाई गई। अध्ययन किए गए DHFR वेरिएंट (rs408626 और rs442767) ने ALL के लिए कोई महत्वपूर्ण जोखिम नहीं दिया। इनसिलिको विश्लेषण से पता चला कि तीन nsSNPs संभावित रूप से DHFR प्रोटीन की संरचना, कार्य और गतिविधि को प्रभावित करते हैं। 3'UTR SNPs के कारण चार माइक्रोआरएनए बाइंडिंग साइट अत्यधिक प्रभावित पाई गईं। इसके अलावा, डॉकिंग सिमुलेशन ने सुझाव दिया कि DHFR के मूल और सभी तीन उत्परिवर्ती रूपों के प्रति मेथोट्रेक्सेट की बाइंडिंग आत्मीयता का क्रम D153V (rs121913223)>मूल>G18R (rs61736208)>D187Y (rs200904105) है।
निष्कर्ष: यह भारतीय आबादी में DHFR वेरिएंट के मानक जीनोटाइप वितरण की रिपोर्ट करने वाला पहला अध्ययन है और यह भी रिपोर्ट करता है कि DHFR (-317A>G और -680C>A) वेरिएंट ALL के विकास के लिए संभावित जोखिम प्रदान नहीं करते हैं। DHFR वेरिएंट जीनोटाइप के वितरण में अंतर-जातीय अंतर मौजूद हैं, और इससे DHFR सब्सट्रेट के लिए चिकित्सीय प्रतिक्रिया में परिवर्तनशीलता हो सकती है। प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण से पता चला कि rs200904105 DHFR की फॉस्फोराइलेशन प्रक्रिया (पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन) को प्रभावित करता है और डॉकिंग सिमुलेशन ने सुझाव दिया कि मेथोट्रेक्सेट में rs121913223 उत्परिवर्ती रूप के प्रति अधिक आत्मीयता है। इसलिए, भारतीय आबादी में इन वेरिएंट के नैदानिक ​​प्रभाव का पता लगाने के लिए अध्ययन की आवश्यकता है।