जर्नल ऑफ़ मेडिकल डायग्नोस्टिक मेथड्स
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संदिग्ध सेप्टिसीमिया में प्लाज्मा सेल-मुक्त डीएनए विश्लेषण के लिए नैदानिक ​​प्रयोगशाला विधियों का मूल्यांकन

उरोसेविक एन, इंगलिस टीजेजे, ग्रास्को जे और लिम ईएम

पृष्ठभूमि: प्लाज़्मा सेल मुक्त डीएनए (सीएफडीएनए) की मात्रा और गुणवत्ता चरम शारीरिक और रोग संबंधी स्थितियों में बदल जाती है। ये परिवर्तन गर्भावस्था, कैंसर, अंग प्रत्यारोपण और सेप्टिसीमिया जैसी विविध स्थितियों में एक नए रोगसूचक बायोमार्कर के लिए आधार प्रदान कर सकते हैं। चिकित्सा निदान के लिए सर्वोत्तम व्यावहारिक दृष्टिकोण की पहचान करने के लिए सीएफडीएनए विश्लेषण के लिए वर्तमान विधियों का मूल्यांकन आवश्यक है।

विधियाँ: शुरू में, QIAamp सर्कुलेटिंग न्यूक्लिक एसिड और QI Aamp मिनी ब्लड डीएनए किट दोनों का उपयोग करके नौ ज्वरग्रस्त रोगियों के प्लाज्मा से cfDNA निकाला गया। CfDNA सांद्रता को PerfeCta और AmpliTaq मिक्स का उपयोग करके β-ग्लोबिन qPCR द्वारा निर्धारित किया गया था। इसके बाद, संदिग्ध सेप्टिसीमिया और सकारात्मक रक्त संस्कृतियों वाले 64 अतिरिक्त रोगियों से प्लाज्मा cfDNA का विश्लेषण करने के लिए क्यूबिट फ्लोरीमेट्रिक और जेल-ऑन-ए-चिप परख का उपयोग किया गया।

परिणाम: AmpliTaq मिश्रण का उपयोग करके β-ग्लोबिन जीन qPCR द्वारा CfDNA सांद्रता का निर्धारण PerfeCta qPCR से बेहतर था। इसके अलावा, PerfeCta के विपरीत AmpliTaq qPCR ने किसी भी DNA निष्कर्षण विधि द्वारा पृथक किए गए cfDNA में समान जीनोम समतुल्य प्रतिलिपि संख्या निर्धारित की। QIAamp मिनी ब्लड किट और AmpliTaq qPCR का उपयोग क्रमशः cfDNA पृथक्करण और परिमाणीकरण के लिए एक बड़े संभावित अध्ययन में किया गया। हालाँकि, दो विधियों के बीच अच्छे सहसंबंध के बावजूद, क्यूबिट द्वारा प्रत्यक्ष DNA माप (क्रमशः 22.23 ng/mL बनाम 61.38 ng/mL) की तुलना में उच्च प्लाज्मा cfDNA स्तरों का पता लगाने के लिए qPCR कम अनुकूल था। फिर cfDNA टुकड़ों के आकार और उनकी सापेक्ष सांद्रता निर्धारित करने के लिए DNA माइक्रोफ्लुइडिक चिप विधि का उपयोग किया गया, जिससे न्यूक्लियोसोम-आकार के DNA टुकड़ों की उपस्थिति का पता चला, जो कुल cfDNA के साथ दृढ़ता से सकारात्मक सहसंबंध में थे। इसके अलावा, एपोप्टोटिक डीएनए की पहचान उच्च सीएफडीएनए सामग्री वाले प्लाज्मा में एक प्रमुख डीएनए घटक के रूप में की गई।

निष्कर्ष: β-ग्लोबिन qPCR कम प्लाज्मा cfDNA सांद्रता का पता लगाने के लिए अधिक उपयुक्त है, जबकि उच्च प्लाज्मा सांद्रता की त्वरित पहचान के लिए क्यूबिट परख एक बेहतर विकल्प है। डीएनए चिप विश्लेषण के आधार पर उच्च cfDNA सांद्रता वाले प्लाज्मा में अपोप्टोसिस cfDNA का एक प्रमुख स्रोत है।