ट्रांसक्रिप्टोमिक्स: ओपन एक्सेस
खुला एक्सेस

अमूर्त

संकटग्रस्त हिमालयी स्नो ट्राउट की विभेदक जीन अभिव्यक्ति को एरोमोनासहाइड्रोफिला से चुनौती दी गई

अशोकतरु

स्नो ट्राउट (स्किज़ोथोरैक्स रिचर्डसनी) उच्च ऊंचाई वाले हिमालयी क्षेत्र में स्थानिक है और व्यापक तापीय व्यवस्था (0-27 डिग्री सेल्सियस) में अच्छी तरह से पनपती है। इस प्रजाति का उपयोग ठंडे पानी की मछली प्रजातियों की अजैविक और जैविक तनाव प्रतिक्रिया का अध्ययन करने के लिए एक मॉडल प्रजाति के रूप में किया जा सकता है। वर्तमान अध्ययन में, हमने एरोमोनस हाइड्रोफिला चैलेंज्ड (Ah+) और मॉक चैलेंज्ड (Ar-) S. रिचर्डसनी के लिवर ट्रांसक्रिप्टोम की तुलना की। प्रजातियों के लिए ट्रांसक्रिप्टोम डेटाबेस को इलुमिना 2000 अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म पर किए गए आरएनए अनुक्रमण (2×100 बीपी पेयर-एंड) का उपयोग करके प्रतिरक्षा-संबंधी भिन्न रूप से व्यक्त जीन के कैस्केड के साथ विकसित किया गया है। डे नोवो असेंबली से प्राप्त 50,453 यूनिजीन में से, 24,464 यूनिजीन को एनोटेट किया गया, जिनमें से 82 यूनिजीन प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया जीन से जुड़े थे। Ah+ में Ah समूह की तुलना में 265 भिन्न रूप से अभिव्यक्त यूनिजीन (189 अप-रेगुलेटेड और 75 डाउन-रेगुलेटेड) थे। जीवाणु रोगजनन के दौरान प्रतिरक्षा विनियमन में शामिल अधिकांश जीन बाह्यकोशिकीय क्षेत्र, झिल्ली अखंडता, आयन बंधन, संकेत पारगमन, प्रतिजन प्रसंस्करण और प्रस्तुति, MHC वर्ग I प्रोटीन कॉम्प्लेक्स आदि से जुड़े होते हैं। विशेष रूप से, प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया से जुड़े 15 यूनिजीन और संकेत पारगमन जीन ऑन्टोलॉजी शर्तों से संबंधित 9 यूनिजीन जीवाणु चुनौती वाले समूह में काफी हद तक अव्यवस्थित थे। चार प्रतिरक्षा जीन इंटरल्यूकिन 1β1, प्रोस्टाग्लैंडीन-एंडोपेरोक्साइड सिंथेस 2a और 2b, और एंकिरिन रिपीट डोमेन ए. हाइड्रोफिला के खिलाफ बहुत सक्रिय पाए गए। वर्तमान अध्ययन एक रोगजनक संक्रमण के दौरान इस संभावित मॉडल मछली के आणविक स्तर पर संभावित परिवर्तनों में प्रारंभिक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।