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प्रोटीन परिवारों के विकास के लिए सह-भिन्नता दृष्टिकोण

जूलियन पेले, ब्रुक टैडीज़, मैडलिन डेनियुड, एंटोनी गार्नियर, डैनियल हेनरियन, हर्वे आब्दी और मैरी चैबर्ट

एकाधिक अनुक्रम संरेखण में, अनुक्रम सह-भिन्नता संरचनात्मक, कार्यात्मक और/या फ़ायलोजेनेटिक बाधाओं के परिणामस्वरूप होती है। सह-भिन्नता स्कोर की गणना करने के लिए कई तरीके विकसित किए गए हैं, लेकिन कुछ अध्ययनों ने इन तरीकों की तुलना करके यह पता लगाया है कि प्रोटीन परिवार विचलन के विश्लेषण के लिए कौन से तरीके सबसे उपयुक्त हैं। यहाँ, हम व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली विधियों का अवलोकन देते हैं और उपयुक्त विधियों के चयन के लिए सरल नियमों की पहचान करते हैं। विशेष रूप से, हमने पाया कि OMES और ELSC जैसी विधियाँ - जो मध्यवर्ती एन्ट्रॉपी और हब संरचना वाले सह-परिवर्तन नेटवर्क के साथ जोड़ों का पक्ष लेती हैं - परिवार विचलन पर विकासवादी जानकारी प्रकट करने के लिए अच्छी तरह से अनुकूल हैं। जब जी प्रोटीन-युग्मित रिसेप्टर्स पर लागू किया जाता है, तो ये विधियाँ प्रोटीन विकास के एक एपिस्टासिस मॉडल का समर्थन करती हैं, जिसमें एक महत्वपूर्ण उत्परिवर्तन के बाद, प्रोटीन फ़ंक्शन को पुनर्स्थापित करने और/या स्थानांतरित करने के लिए कई अवशेषों का सह-विकास आवश्यक था।