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पैन-कैंसर में PTEN जीन का व्यापक जैविक सूचना विश्लेषण

हैंग झांग†, वेनहान झोउ, ज़ियाओयी यांग, शुज़ान वेन, बाइचेंग झाओ, जियाल फेंग, बोझोउ चेन, शुयिंग चेन*

पृष्ठभूमि: PTEN एक बहुक्रियाशील ट्यूमर दमनकारी जीन था जो विभिन्न प्रकार के कैंसरों में उच्च आवृत्ति पर उत्परिवर्तित होता था। हालाँकि, पैन-कैंसर, सहसंबद्ध जीन, उत्तरजीविता पूर्वानुमान और विनियामक मार्गों में इसकी अभिव्यक्ति पूरी तरह से वर्णित नहीं की गई थी। यहाँ, हमने नैदानिक ​​अनुप्रयोग के लिए संदर्भ प्रदान करने के लिए उपरोक्त दृष्टिकोणों से एक व्यापक विश्लेषण करने का लक्ष्य रखा। विधियाँ: हमने TCGA और GTEx डेटाबेस से डेटा का उपयोग करके कैंसर में अभिव्यक्ति के स्तरों का अध्ययन किया। UALCAN डेटाबेस से अभिव्यक्ति बॉक्स प्लॉट प्राप्त करें, cBioportal वेबसाइट पर उत्परिवर्तन विश्लेषण करें,
GEPIA वेबसाइट पर सहसंबंध जीन प्राप्त करें, प्रोटीन नेटवर्क का निर्माण करें और STRING डेटाबेस पर KEGG और GO संवर्धन विश्लेषण करें और Kaplan-Meier Plotter वेबसाइट पर रोगनिदान विश्लेषण करें। हमने PROMO डेटाबेस पर प्रतिलेखन कारक भविष्यवाणी और RNAup वेब सर्वर और RPISeq पर RNA-RNA एसोसिएशन/RNA-प्रोटीन इंटरैक्शन भी किया। जीन 3D संरचना, प्रोटीन अनुक्रम और संरक्षित डोमेन NCBI से प्राप्त किए गए थे।
परिणाम: हमारे द्वारा अध्ययन किए गए सभी कैंसर में PTEN की अभिव्यक्ति कम थी। यह ट्यूमर के नैदानिक ​​चरण से निकटता से संबंधित था, जो दर्शाता है कि PTEN कैंसर के विकास और प्रगति में शामिल हो सकता है। PTEN के उत्परिवर्तन विभिन्न प्रकार के कैंसर में मौजूद थे, जिनमें से अधिकांश ट्रंकेशन उत्परिवर्तन और मिसेंस उत्परिवर्तन थे। कैंसर (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, गैस्ट्रिक कैंसर, लीवर कैंसर, फेफड़े का कैंसर, स्तन कैंसर) में, PTEN की कम अभिव्यक्ति वाले रोगियों में OS समय कम था और OS रोग का निदान खराब था। PTEN की कम अभिव्यक्ति कुछ कैंसर (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA) में RFS की गिरावट का कारण बन सकती है, जो दर्शाता है कि PTEN की अभिव्यक्ति नैदानिक ​​रोग के निदान से संबंधित थी। हमारे अध्ययन ने PTEN से संबंधित जीन की पहचान की और GEPIA वेबसाइट से प्राप्त 100 PTEN से संबंधित जीन पर GO संवर्धन विश्लेषण किया। निष्कर्ष: पीटीईएन जीन की समझ और इसके संबंधित विनियामक मार्गों की गहन खोज ट्यूमर-विशिष्ट बायोमार्करों और नैदानिक ​​संभावित चिकित्सीय लक्ष्यों की खोज के लिए अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकती है।