जर्नल ऑफ़ मेडिकल डायग्नोस्टिक मेथड्स
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फॉर्मेलिन-फिक्स्ड, पैराफिन-एम्बेडेड ऊतक से डीएनए निष्कर्षण विधियों की तुलना और वास्तविक समय पीसीआर-आधारित उत्परिवर्तन परख पर उनका प्रभाव

किरण टी मल्होत्रा, उदय गुलाटी, बोनी बाल्ज़र और हेलेन वाई वू

व्यक्तिगत कैंसर देखभाल के इस नए युग में, दैहिक उत्परिवर्तनों के लिए आणविक परीक्षण कई लक्षित कैंसर चिकित्सा के लिए उपचार निर्णयों में बढ़ती भूमिका निभाता है। फॉर्मेलिन-फिक्स्ड पैराफिन-एम्बेडेड ऊतक (FFPET) नमूने ऐसे परीक्षण के लिए न्यूक्लिक एसिड का विशिष्ट स्रोत बने हुए हैं। क्योंकि फॉर्मेलिन फिक्सेशन न्यूक्लिक एसिड को नुकसान पहुंचा सकता है और कई ट्यूमर नमूने छोटे होते हैं, उत्परिवर्तन परीक्षण के लिए उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए की पर्याप्त मात्रा प्राप्त करना चुनौतीपूर्ण हो सकता है। इन पूर्व-विश्लेषणात्मक चर को देखते हुए, ऐसे नमूने प्रकारों से डीएनए को अलग करने के लिए एक मानकीकृत और अच्छी तरह से मान्य विधि की उपलब्धता महत्वपूर्ण है। हमने डीएनए अलगाव के लिए दो व्यापक रूप से उपलब्ध वाणिज्यिक किटों (रोश मॉलिक्यूलर सिस्टम से कोबास डीएनए सैंपल तैयारी किट, और क्यूजेन से क्यूआईएएमपी डीएनए एफएफपीई टिशू किट) की तुलना की, जिसमें विभिन्न प्रकार के ट्यूमर (मेलेनोमा, थायरॉयड, कोलोरेक्टल, फेफड़े, स्तन और डिम्बग्रंथि के कैंसर) से 120 एफएफपीईटी नमूनों का उपयोग किया गया और बीआरएएफ, केआरएएस और ईजीएफआर उत्परिवर्तन के लिए वास्तविक समय पीसीआर-आधारित परख के बाद के प्रदर्शन पर विभिन्न डीएनए अलगाव विधियों के प्रभावों की जांच की। हालांकि दोनों विधियों ने तुलनीय न्यूक्लिक एसिड मात्रा दी, लेकिन कोबास विधि ने आरएनएएस उपचार से पहले और बाद में डीएनए उपज की तुलना करके निर्धारित रूप से काफी कम आरएनए (पी<0.001) को सह-शुद्ध किया। निकाले गए डीएनए में आरएनए की उपस्थिति वास्तविक समय पीसीआर-आधारित उत्परिवर्तन परीक्षणों में विलंबित सीमा चक्र (सीटी) से जुड़ी थी। कोबास विधि ने आरएनएएस उपचार के अतिरिक्त चरण की आवश्यकता के बिना वास्तविक समय पीसीआर उत्परिवर्तन पहचान परीक्षणों के लिए ट्यूमर प्रकारों और नमूना आकारों की सीमा में लगातार पर्याप्त मात्रा में शुद्ध डीएनए प्राप्त किया।