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बायोइन्फॉरमेटिक विश्लेषण: कोलोरेक्टल कार्सिनोमा में LINC00634 की भूमिका

फैंग लियू, फेंगइहुआन फू*, युकियांग नी

पृष्ठभूमि: LINC00634 एसोफैजियल कैंसर में अत्यधिक अभिव्यक्त होता है, और इसकी कमी एसोफैजियल कैंसर कोशिकाओं की व्यवहार्यता को दबा सकती है और एपोप्टोसिस को प्रेरित कर सकती है। हालाँकि, ऐसे अध्ययनों की कमी है जो LINC00634 अभिव्यक्ति और कोलोरेक्टल कार्सिनोमा (CRC) रोगियों के क्लिनिक रोग संबंधी विशेषताओं, उत्तरजीविता परिणामों, रोगसूचक कारकों और ट्यूमर प्रतिरक्षा कोशिका घुसपैठ के बीच संबंधों की जाँच करते हैं।

उद्देश्य: हमारा लक्ष्य कोलोरेक्टल कार्सिनोमा में LINC00634 की भूमिका की जांच करना है।

विधियाँ: हमने TCGA (कैंसर जीनोम एटलस) सार्वजनिक डेटाबेस, GTEx (जीनोटाइप-ऊतक अभिव्यक्ति) डेटाबेस और नैदानिक ​​नमूनों से डेटा प्राप्त किया। CRC रोगियों की LINC00634 अभिव्यक्ति और क्लिनिकोपैथोलॉजिकल विशेषताओं के बीच संबंध का आकलन करने के लिए विलकॉक्सन रैंक-सम टेस्ट, क्रुस्कल-वालिस टेस्ट और लॉजिस्टिक रिग्रेशन विश्लेषण का उपयोग किया गया। एरिया अंडर द कर्व (AUC) स्कोर के आधार पर CRC रोगियों और सामान्य विषयों के बीच अंतर करने के लिए LINC00634 की क्षमता का मूल्यांकन करने के लिए रिसीवर ऑपरेटिंग कैरेक्टरिस्टिक (ROC) वक्र का निर्माण किया गया। रोगनिदान कारकों और उत्तरजीविता परिणामों के बीच संबंध का मूल्यांकन करने के लिए एकतरफा और बहुभिन्नरूपी विश्लेषण किए गए। कोलोरेक्टल कार्सिनोमा रोगियों के रोगनिदान में LINC00634 अभिव्यक्ति के योगदान को निर्धारित करने के लिए कापलान-मेयर वक्र और कॉक्स रिग्रेशन विश्लेषण का उपयोग किया गया। LINC00634 के महत्वपूर्ण रूप से शामिल कार्यों की पहचान करने के लिए प्रतिरक्षा घुसपैठ विश्लेषण और जीन सेट संवर्धन विश्लेषण (GSEA) का संचालन किया गया। अंततः, कॉक्स रिग्रेशन डेटा के आधार पर आंतरिक सत्यापन के लिए एक नोमोग्राम का निर्माण किया गया।

परिणाम: CRC रोगियों में LINC00634 की अभिव्यक्ति बढ़ी हुई थी, और यह N चरण, अवशिष्ट ट्यूमर, रोग संबंधी चरण और समग्र उत्तरजीविता (OS) घटना से स्पष्ट रूप से जुड़ी हुई थी। ROC वक्र ने दिखाया कि LINC00634 में मजबूत नैदानिक ​​और रोगसूचक क्षमताएँ थीं (AUC=0.74)। LINC00634 की उच्च अभिव्यक्ति खराब रोग विशिष्ट उत्तरजीविता (DSS; P=0.008) और खराब ओवररोल उत्तरजीविता (OS; P<0.01) की भविष्यवाणी कर सकती है। CRC रोगियों में LINC00634 की अभिव्यक्ति स्वतंत्र रूप से OS से जुड़ी हुई थी (P=0.019)। GSEA और प्रतिरक्षा घुसपैठ विश्लेषण ने प्रदर्शित किया कि LINC00634 अभिव्यक्ति जीन प्रतिलेखन, एपिजेनेटिक विनियमन और कुछ प्रकार की प्रतिरक्षा घुसपैठ कोशिकाओं के कार्यों में शामिल थी। नोमोग्राम का c-इंडेक्स 0.772 (95%CI: 0.744-0.799) था।

निष्कर्ष: हमारे अध्ययन से पता चलता है कि LINC00634 सीआरसी रोगियों के लिए संभावित रोगसूचक बायोमार्कर के रूप में काम कर सकता है।