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उत्तर-पश्चिम भारत के उच्च जोखिम समूहों में एचआईवी संचरण पैटर्न का फाइलोजेनोमिक विश्लेषण

चंदर कांता चौहान, पीवीएम लक्ष्मी1, फुलेन सरमा, विवेक सागर, अमन शर्मा, सुनील के.अरोड़ा, राजेश कुमार*

पृष्ठभूमि: आणविक तकनीकें एचआईवी संचरण नेटवर्क का पता लगाने के लिए महामारी विज्ञान जांच की शक्ति को बढ़ा सकती हैं। यह जानकारी एचआईवी संचरण की रोकथाम के लिए रणनीति विकसित करने के लिए उपयोगी हो सकती है। इसलिए, हमने फ़ाइलोजेनोमिक विधियों का उपयोग करके उत्तर-पश्चिम भारत के उच्च जोखिम वाले समूहों (HRGs) में नए निदान किए गए एचआईवी मामलों के बीच संचरण पैटर्न पर एक अध्ययन किया।

विधियाँ: हाल ही में संक्रमित HRGs के 37 यादृच्छिक रूप से चयनित नमूनों में से, लिमिटिंग एंटीजन एविडिटी परख का उपयोग करके हाल ही में संक्रमित संक्रमण परीक्षण एल्गोरिथ्म (RITA) के माध्यम से पहचाने गए, फाइलोजेनोमिक विश्लेषण किया गया। पोल जीन (540 बेस पेयर) के रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस क्षेत्र का प्रवर्धन और अनुक्रमण किया गया। संदर्भ अनुक्रम HIV लॉस एलामोस डेटाबेस से निकाले गए। क्लस्टल W और HIV-1 उपप्रकार द्वारा संरेखित अनुक्रमों को पोल अनुक्रम के फाइलोजेनोमिक विश्लेषण के आधार पर निर्धारित किया गया। MEGA (संस्करण 11.0) का उपयोग करके फाइलोजेनेटिक पेड़ों का निर्माण किया गया।

परिणाम: फाइलोजेनी स्पष्ट रूप से दर्शाती है कि अध्ययन आइसोलेट्स RTFSWCHD और RTFSWPB007 भारतीय संदर्भ अनुक्रम AY746371 और EU683781 और एक नेपाली अनुक्रम KX430115 के साथ क्लस्टर करते हैं और उनसे संबंधित हैं। अन्य अध्ययन आइसोलेट्स (RTFSWCHD001, RTFSWPB005, RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) अन्य संदर्भों के साथ किसी भी अंतर्संबंध के बिना खुद के बीच विशिष्ट रूप से क्लस्टर किए गए। एक अध्ययन आइसोलेट (RTFSWHP004) जिम्बाब्वे के आइसोलेट AY998351 के साथ निकटता से क्लस्टर किया गया। फाइलोजेनी से पता चलता है कि अध्ययन ने भारतीय संदर्भों (DQ838761, EU683781 और AY746371) के साथ MSMCHD005 क्लैड को अलग से अलग किया है, लेकिन यह चीन (HG421606, JQ658754), नेपाल (JN023039) और म्यांमार (N223216, JN223183, KC913773) के संदर्भों से भी बहुत करीब से संबंधित है। अन्य अध्ययन अलगाव (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 और MSMHR006) आपस में बहुत हद तक परस्पर संबंधित हैं और एक साथ मिलकर एक अलग अनूठा क्लैड बनाते हैं। विकासवादी वृक्ष दिखाता है कि वर्तमान अध्ययन के सभी अनुक्रमों ने एक मोनोफाइलेटिक वंश का निर्माण किया, यानी, भारत के अनुक्रम किसी भी अन्य देश के अनुक्रमों की तुलना में अधिक एक साथ समूहीकृत हुए। अध्ययन अनुक्रमों ने केवल नेपाल संदर्भ KX430115 और JN023035 से ही संबंध दर्शाया। दक्षिण अफ़्रीकी, यू.के., नॉर्वे, चीन और म्यांमार संदर्भों को एक अलग क्लेड में समूहीकृत किया गया है।

निष्कर्ष: आणविक महामारी विज्ञान विधियां संचरण नेटवर्क को प्रकट करने में सक्षम थीं; इसलिए, संचरण नेटवर्क की निगरानी के लिए एचआईवी प्रहरी निगरानी में फायलोजेनोमिक विधियों का उपयोग किया जा सकता है।