इम्यूनोथेरेपी: ओपन एक्सेस
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पैन-कैंसर ट्रांसक्रिप्टोम और सिंगल सेल डेटा द्वारा मैट्रिक्स मेटालोप्रोटीज़ ( एमएमपी ) जीन अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल का एक परिप्रेक्ष्य प्रकट किया गया

जिनक्सियांग टैन*, यिदान गाओ, झाओ ली, युआनयुआन वांग, लिनबैंग वांग

पृष्ठभूमि: एमएमपी परिवार के जीनों का एक समूह है जो कैंसर की प्रगति से संबंधित है, कैंसर में अधिकांश एमएमपी जीनों का विनियमन आक्रमण, एंजियोजेनेसिस और प्रतिरक्षा निगरानी परिहार को बढ़ावा देने से जुड़ा हुआ बताया गया है। हालाँकि, ट्रांसक्रिप्टोम स्तर और एकल-कोशिका स्तर पर सभी एमएमपी के अभिव्यक्ति पैटर्न की जांच पैन-कैंसर परिप्रेक्ष्य में नहीं की गई है।

विधियाँ: कैंसर जीनोम एटलस (TCGA) ट्रांसक्रिप्टोम और GEO (जीन एक्सप्रेशन ऑम्निबस) से सिंगल-सेल सीक्वेंसिंग पैन-कैंसर डेटा दोनों को लागू किया गया। MMP-आधारित डायग्नोस्टिक मॉडल LASSO रिग्रेशन विश्लेषण द्वारा बनाया गया था। ट्यूमर को ssGSEA द्वारा MMP स्कोर-उच्च और निम्न समूहों में वर्गीकृत किया गया था। सिंगल-सेल डेटा का विश्लेषण सेराट पैकेज द्वारा किया गया था। MMP के अभिव्यक्ति वर्णों को qRT-PCR द्वारा मान्य किया गया था।

परिणाम: MMP1 , MMP11 और MMP12 लगभग सभी कैंसरों में ऊपर विनियमित थे। MMP19 और MMP27 आठ से नौ कैंसर प्रकारों में महत्वपूर्ण रूप से नीचे विनियमित हैं। सहसंबंध विश्लेषण ने MMP अभिव्यक्ति और ट्यूमर प्रतिरक्षा और ट्यूमर स्टेमनेस के बीच एक संभावित संबंध साबित किया। मैक्रोफेज, टाइप II IFN रिस्पॉन्स और Treg सहित प्रतिरक्षा कोशिकाएं उम्मीद के मुताबिक MMP स्कोर-कम समूह में अत्यधिक घुसपैठ की गईं, हिप्पो सिग्नलिंग मार्ग सहित कार्य, संवहनी एंडोथेलियल कोशिका में ल्यूकोसाइट आसंजन का सकारात्मक विनियमन, MMP स्कोर-उच्च समूह में टी सेल कीमो टैक्सी अधिक सक्रिय हैं। एकल-कोशिका विश्लेषण से विभिन्न कोशिका समूहों में विविध MMP अभिव्यक्ति पैटर्न का पता चला ^। जिसमें , MMP7 मैक्रोफेज में अत्यधिक व्यक्त पाए जाते हैं

निष्कर्ष: अधिकांश एमएमपी की अभिव्यक्ति कैंसरों में बढ़ी है, एमएमपी ने संयोजन में संभावित नैदानिक ​​मूल्य दिखाया है।