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क्रोहन रोग में mRNA 3′ UTR और mRNA स्तर के अंतर की पहचान करने की एक नई रणनीति

तुओ हू, हुआ-शान लियू, ची झोउ, जियान-रुई वू, यू-फेंग चेन, जुआन-हुई लियू, जिओ-वेन हे, यी-फेंग ज़ोउ, जिओ-शेंग हे, जिओ-जियान वू, पिंग लैन और जिया के

सार पृष्ठभूमि और उद्देश्य: क्रोहन रोग (सीडी) एक पुरानी और दुर्दम्य आंत्र सूजन की बीमारी है। mRNA प्रतिलेख का 3′ अनट्रांसलेटेड क्षेत्र (3′ UTR) ट्रांस्क्रिप्शन के बाद अपनी स्वयं की ट्रांसलेशनल प्रक्रिया को विनियमित कर सकता है, और CD में इसकी भूमिका अस्पष्ट बनी हुई है। इस अध्ययन का उद्देश्य mRNA 3′ UTR के विनियमन के माध्यम से CD फेनोटाइप को प्रभावित करने वाले महत्वपूर्ण जीन की पहचान करना था। विधियाँ: RNA-seq आधारित ऑनलाइन CD डेटाबेस से पूरे ट्रांस्क्रिप्टोम के 3′ UTR की लंबाई का मूल्यांकन करने के लिए आइसोफॉर्म स्ट्रक्चरल चेंज मॉडल (IsoSCM) का उपयोग किया गया था। स्पीयरमैन गुणांक द्वारा 3′ UTR लंबाई की स्थिति और mRNA स्तर के बीच सहसंबंधों का विश्लेषण किया गया। सहसंबद्ध जीन सूची को प्रकाशित महत्वपूर्ण CD संबंधित जीन सूची के साथ ओवरलैप किया गया था। CD फेनोटाइप से जुड़े जीन की पहचान करने के लिए एकतरफा और बहुभिन्नरूपी विश्लेषण किया गया। परिणाम: सामान्य नियंत्रण की तुलना में, CD रोगियों में 432784 जीनों में से 34192 जीनों के 3′ UTR को छोटा किया गया और 57389 को लंबा किया गया। 255 जीनों के 3′ UTR परिवर्तनों को उनके mRNA स्तर के साथ महत्वपूर्ण रूप से सहसंबंधित पाया गया। इसके अलावा, 8 ओवरलैप किए गए जीन 255 से अधिक सहसंबंधित जीन और ज्ञात CD संबंधित जीन सूची (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU और PTPN2) द्वारा साझा किए गए थे। ABCB1 और JAK2 के mRNA स्तर और JAK2 प्रतिलेख की छोटी 3′ UTR लंबाई को एकतरफा और बहुभिन्नरूपी विश्लेषण द्वारा CD रोगियों में गहरे अल्सर के साथ सहसंबंधित पाया गया। निष्कर्ष: CD संबंधित जीनों के 3′ UTR परिवर्तनों को CD के फेनोटाइप से संबंधित होने की पुष्टि की गई। हमारे निष्कर्ष CD के लिए एपिजेनेटिक तंत्र और चिकित्सीय रणनीतियों में आगे की जानकारी प्रदान कर सकते हैं।