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हेपेटाइटिस सी वायरस जीनोम 3'-अनट्रांसलेटेड क्षेत्र में निहित सिंगल-स्ट्रैंड और डबल-स्ट्रैंड आरएनए तत्वों के इन-सीटू स्थानीयकरण के लिए एक विधि

एलोडी रेंस, जिंग हू, जेरोम ई टान्नर और कैरोलिन अल्फिएरी

आरएनए वायरस के जीनोम के भीतर उनकी मूल अवस्था में मौजूद द्वितीयक और तृतीयक संरचनाओं को हल करने की क्षमता, इन वायरस की प्रतिकृति प्रक्रिया को स्पष्ट करने में एक आवश्यक पहला कदम है। हेपेटाइटिस सी वायरस (एचसीवी) जीनोम एक एकल (+) स्ट्रैंड आरएनए से बना है, जिसकी प्रतिकृति मुख्य रूप से 3'-अनट्रांसलेटेड क्षेत्र (3'UTR) द्वारा नियंत्रित होती है। 3'UTR में एक जीनोटाइप-विशिष्ट परिवर्तनशील क्षेत्र (VR), एक पॉली (U/UC) दोहराव और एक संरक्षित 98-बेस अनुक्रम शामिल है जिसे X-टेल कहा जाता है। हालाँकि इन विट्रो बायोकेमिकल विश्लेषण से 3'UTR के संरचनात्मक मॉडल प्रस्तावित किए गए हैं, लेकिन इंट्रासेल्युलर वातावरण में मौजूद पूर्ण-लंबाई वाले वायरल जीनोम के हिस्से के रूप में इसकी मूल संरचना अनिश्चित है। पूर्ण-लंबाई वाले जीनोम के 3'UTR में निहित मूल डबल-स्ट्रैंड (ds) और सिंगल-स्ट्रैंड (ss) RNA संरचनाओं को मैप करने के साधन के रूप में , हमने साइट-निर्देशित RT-qPCR के संयोजन में इन-सीटू रासायनिक टैगिंग की। परिणाम दर्शाते हैं कि ssRNA VR-पॉली (U/UC) दोहराव अनुक्रमों में प्रमुख है, जबकि dsRNA तत्व X-टेल तक सीमित हैं। इन सीटू रासायनिक टैगिंग ने VR-पॉली (U/UC) दोहराव क्षेत्र में स्थित एक अद्वितीय dsRNA तत्व की भी पहचान की, जो 3'UTR के बाहर स्थित अनुक्रमों के भाग में शामिल है। यहाँ वर्णित परिणाम HCV जीनोम के 3'UTR अनुक्रम के भीतर मौजूद द्वितीयक संरचनाओं की इन सीटू जांच और पता लगाने के लिए पहली रिपोर्ट का गठन करते हैं। लक्षित RNA की ट्रेस मात्रा को बढ़ाने के लिए PCR के साथ संयोजन में dsRNA और ssRNA को सीमांकित करने के लिए इंट्रासेल्युलर RNA संशोधित करने वाले एजेंटों का उपयोग, जटिल इंट्रासेल्युलर RNA के भीतर मूल द्वितीयक संरचनाओं के मानचित्रण में संभावित अनुप्रयोग है।